روزنامه جوان نوشت: رفتارهاي سينوسي او به قدري است که اگر کسي مواضع هشت سال پيش او را با مواضع اخيرش مقايسه کند، نمي‌تواند هيچ تناسبي ميان آنها برقرار کند. او در انتخابات مجلس هفتم با اصرار محمود احمدي‌نژاد در ليست اصولگرايان تهران قرار گرفت و رأي آورد و ديري نپاييد که از مواضع سياسي خود فاصله گرفت و رفته رفته به سمت اصلاح‌طلبان گرايش پيدا کرد و همچنان ادامه دارد. او البته هر از گاهي مواضع فرهنگي خاصي اتخاذ کرده که البته هيچ نسبتي با مشي و منش اصلاح‌طلبان نداشته تا القا کند که شخصيتي مستقل و فراتر از جريانات سياسي اصولگرا و اصلاح‌طلب است!علي مطهري که اکنون در جايگاه هيئت رئيسه مجلس شوراي اسلامي هم نشسته است، انتظار بود پس از تجربه چند دوره نمايندگي مجلس به رشد و پختگي قابل قبولي رسيده باشد و در اتخاذ مواضع معقولانه‌تر تصميم بگيرد، اما مواضع اخير او نشان داد که نزد علي مطهري در همچنان برهمان پاشنه بي‌بصيرتي مي‌چرخد. پس از انتشار فايل صوتي آيت‌الله منتظري درباره اعدام منافقين در سال 67 که در آن اتهاماتي بي‌اساس متوجه امام، يادگار امام و نظام جمهوري اسلامي ايران شد و با واکنش بيت امام و همچنين مسئولان شوراي عالي قضايي وقت مواجه شد، علي مطهري مدعي شد: اظهارات اخير منتشر شده آيت‌الله منتظري از سر دلسوزي براي انقلاب اسلامي بيان شده است! او اضافه کرد: اگر قصوري هم در نحوه اجراي حکم (اعدام منافقين) بوده است، عذرخواهي شود.