امام جمعه اصفهان در پیامی درگذشت عالم مجاهد و پارسا آیت الله حاج شیخ محمّد یزدی را تسلیت گفت. در پیام آیت الله طباطبایی نماینده ولی فقیه و امام جمعه اصفهان آمده است :
خبر ارتحال عالم مجاهد و پارسا آیت الله حاج شیخ محمّد یزدی رضوان الله تعالی علیه موجب تاثر و تالم شد. این عالم مجاهد از قبل از پیروزی انقلاب یاری وفادار و صدیق برای امام راحل و رهبر معظم انقلاب بود و پس از انقلاب اسلامی نیز علاوه بر فعالیت‌های علمی همچون تدریس و تألیف ده‌ها کتاب متعدد با مضامین فقهی، اعتقادی، سیاسی و اجتماعی فعالیت‌ها و مسئولیت‌های کم نظیری را در نظام مقدس اسلامی بر عهده داشت.
در ادامه این پیام آمده است اینجانب این ضایعه را به پیشگاه حضرت، ولی عصر (عج)، رهبر معظم انقلاب اسلامی (حفظه الله)، جامعه مدرسین حوزه علمیه قم، حوزه‌های علمیه و علمای اعلام و به ویژه خاندان گرامی ایشان و ملت شریف ایران اسلامی تسلیت عرض کرده و علوّ درجات ایشان را از خداوند متعال مسألت می کنم.