سازمان محیط زیست با ابلاغ نامه ای، برای عبور مسیر آزاد راه اصفهان- شیراز و کنار گذر شرق اصفهان از پارک ملی و پناهگاه حیات‌وحش کلاه قاضی مخالفت کرد. رضا اقتدار مدیرکل دفترمدیریت زیستگاه‌ها و امور مناطق سازمان حفاظت محیط زیست در نامه‌ای به ایرج حشمتی مدیرکل حفاظت محیط زیست استان اصفهان بر ضرورت جلوگیری از هرگونه دخل و تصرف در محدوده پارک ملی کلاه قاضی و خارج کردن مسیر طرح آزاد راه از این منطقه تاکید کرد.
در نامه مدیرکل دفتر مدیریت زیستگاه‌ها و امور مناطق که امروز به اداره کل محیط‌زیست استان ابلاغ شده با تاکید بر اصلاح مسیر آزادراه کنار گذر شرقی اصفهان در داخل محدوده پارک ملی کلاه قاضی برضرورت جلوگیری از هرگونه دخل و تصرف در محدوده این پارک و در مسیر مدنظر برای اصلاح و خارج کردن مسیر طرح از پارک ملی کلاه قاضی تاکید شده است.
پارک ملی و پناهگاه حیات وحش کلاه قاضی با وسعت بیش از ۴۷ هزار هکتار در ۳۶ کیلومتری جنوب شرقی شهر اصفهان و در مجاورت شهر جدید بهارستان قرار دارد که
غرب این منطقه به گردنه گریژنه، گردنه لاشتر و اتوبان اصفهان- شهرضا محدود میشود.
قطعه سوم طرح ملی آزادراه کنار گذر شرق اصفهان بر اساس طراحی مشاور آن، قرار بود از پارک ملی و پناهگاه حیات وحش کلاه قاضی بگذرد.