مسجد «شیخی‌ها» که با عناوین «خانی‌ها» و «آقایی‌ها» نیز در گذشته معروف بوده، یکی از آثار معماری قرون اولیه اسلام يعني سده‌هاي سوم و چهارم هجری قمری است لذا از نظر سبک معماری نيز مشابه مساجد جامع فهرج و میبد است.
این مسجد که در کتب تاریخی مورخان حتی افرادي همچون ایرج افشار نیز مورد عنایت قرار نگرفته، ساختاري درونگرایی داشته که به استفاده اقلیت مذهبی «شیخیه» مربوط می‌شده و نامگذاری آن نیز به همین دلیل بوده است.
مسجد «شیخی‌ها» که تقریباً بنایي ناشناخته‌ای در شهر تاریخی یزد محسوب می‌شود، در دوران صفویه به طور گسترده‌ای به لحاظ پوشش، بازسازی شده و البته در دوره‌‌ي زندیه یا قاجاریه نیز با الحاق یک گنبد درونگرا به نهایت توسعه رسیده است.
این مسجد که در محله وقت‌الساعت و در نزدیکی مسجد جامع يزد قرار گرفته است، در حالت کلی داراي دو بخش زمستانه و تابستانه است.
مسجد شیخی‌ها دارای تزئینات خاصی است که به زیر لایه‌هايي از گچ و اندود دوره‌های بعد پوشیده شده و همچنين ستونی دارد که کاربرد پیشرفته آن در مدیریت وزن این بنا، آن را از ستون‌های ساده مساجد آن دوران متمایز کرده است.
نوع ساخت و ملات سقف این مسجد که به نوعی دارای تراکم پایین و دانه‌بندی درشت بوده، از انواع طاق‌هایی با مقاومت پایین است که در بناهای دیگر و حتی در ارگ بم نیز دیده شده و همین عامل منجر شده است تا بخش‌هایی از طاق مسجد به مرور زمان فرو بریزد، هر چند كه تا حدودی نوع آجرچینی ساختمان این مسجد به مقاومت آن کمک کرده است.
ساخت مسجد شیخی‌ها براساس نوعی الگوی معماری به نام «9 گنبدی» كه الگویی خاص و برگرفته از علم کیهان‌شناسی سنتی و تعابیر 9 گانه آسمان است، بنا شده است.
البته اين الگوي معماري به ویژه برای ایجاد مساجد دوران اسلامی است اما تنها مختص بناهای اسلامی نیست به نحوي كه از این الگو که مربع را به 9 قسمت تقسیم می‌کند، در چندین صفه‌ی بنای تخت جمشید نیز به وفور استفاده شده و تنها تفاوت آن در نوع پوشش بکار گرفته شده، است.
اما مهمترین نکته در مورد بناي مسجد شيخي‌ها نوع پوشش سقف آن برگرفته از سبك پوشش‌های دوره ساسانی تحت عنوان «تاق آهنگ» است ، در حالي كه در آن دوران استفاده از الگوی پوشش دوار به صورت گنبد مرسوم بوده است.
این كه مسجد شيخي‌ها برخلاف بسیاری از مساجد دوران اولیه به صورت اصیل باقی مانده و طبق اسناد و شواهد تنها بازسازی آن متعلق به دورانی است که بارش سنگین برف به آن آسیب زده، یکی از مهمترین ارزش گذاری‌های قابل توجه این بنا محسوب می‌شود.
کتیبه‌ای که در بنا متعلق به سال 975 هجری قمری است، گویای تاریخ ساخت آن است و نقر شدن عبارت «یا علی» به خط ثلث بر بدنه اين مسجد نيز متضمن حکومت شیعی صفوی بر اين منطقه در گذشته بوده، همانظور كه چنين نشاني در برخی از مساجد دیگر کشور نیز به همین دلیل نقر شده است. البته نقوش دیگری مانند پرنده، پنجه دست و گل نیز روی دیوار مسجد مشاهد شده است.
هر چند كه این بنای تاریخی و ارزشمند به علت استفاده اقلیت مذهبی «شیخیه» ارتباط بصری با بیرون ندارد و معماری اصیل آن به گونه‌ای مهجور مانده است ولي مطلب با اهميت‌تر دیگر در مورد آن، نياز اساسي اين مسجد به مرمت است.
«سیدمصطفی فاطمی» در گفت‌و‌گو با خبرنگار ایسنا – منطقه یزد، با بیان این که مسجد شیخی‌ها جزو یکی از بناهای شاخص معماری و تاریخی شهر یزد است، می‌گوید: این بنا در حال حاضر در مرحله عملیات‌های باستان‌شناسانه است چرا که قدمت زیاد و وجود آثار تاریخی دوران مختلف، آن را مستلزم باستان‌شناسي کرده و مرمتش را به پس از آن به تعويق انداخته است.
اين مسئول همچنين با اعلام عدم تخصیص اعتبار به بناهای تاریخی استان، اظهار مي‌كند: هرچند تا زماني كه عملیات باستان‌شناسی اين مسجد انجام نشود، نمیتوان انجام هیچ عملیاتی مربوط به مرمت و بهسازی آن را انتظار داشت اما این بنای تاریخی نیز مانند سایر بناها هنوز در انتظار اعتبار جهت مرمت است.