گورستان قلعه‌نو نیز در نوع خود بی‌نظیر است، قبرها به صورت پلکانی و مقبره خوانین و حکما در داخل اتاقک‌هایی به نام «معجره» قرار دارد. مقبره دختری در این گورستان کشف شده که معماری روی آن نشان‌دهنده دوران صفوی است، اما هویت خود فرد هنوز مشخص نشده است.