در حالی که حتی با چشم نیز می توان تفاوت رنگ قسمت تازه تعمیر شده مسجد شیخ لطف الله را در مقایسه با سایر بخش ها دید مسئولان میراث فرهنگی استان اصفهان معتقدند مرمت گنبد مسجد شیخ لطف‌الله اصفهان کاملاً اصولی انجام شده است.