حضرت آیت الله خامنه‌ای رهبر معظم انقلاب اسلامی در پیامی درگذشت عالم مجاهد حجت‌الاسلام آقای دکتر جواد اژه‌ای را تسلیت گفتند. متن پیام رهبر معظم انقلاب اسلامی به این شرح است:
بسم الله الرحمن الرحیم
با اندوه و تأسف فراوان خبر درگذشت عالم مجاهد جناب حجت‌الاسلام آقای دکتر جواد اژه‌ای را دریافت کردم، شخصیت برجسته و ممتازی که سال‌های متمادی مجاهدت‌های بزرگ و مبارک را با اخلاص و بدون اندک تظاهری عهده‌دار شد و یادگار‌های فراموش نشدنی برای کشور و انقلاب بر جای گذاشت. تشکیل انجمن‌های اسلامی دانشجویان در اروپا، تشکیل مدارس استعداد‌های درخشان کشور، مدیریت پدرانه بر مجموعه‌های نخبگانی جوان، و سازنده دوران طلائی مدال‌آوری‌های علمی بین‌المللی از جمله این یادگار‌های بی‌همانند است.
این مجاهد خاموش که برادر شهیدی عزیز و داماد شهید عالیقدر آیت‌آلله بهشتی بود بنای نخبگی و نخبه‌پروری را بر شالوده‌های محکم ایمان و انقلاب استوار ساخت و سپیدروی و سرافراز به ملاقات خداوند رحیم شتافت.
اینجانب با تأسف عمیق، به همسر گرامی و صبور و فرزندان عزیز و دیگر منسوبان و بازماندگان ایشان و نیز به عموم جامعه نخبگانی کشور تسلیت عرض می‌کنم و رحمت و مغفرت الهی را برای آن مرحوم مسألت مینمایم.
سیّدعلی خامنه‌ای
۲۴ آبان ۱۳۹۹