وزیر اسبق اطلاعات با تأکید بر اینکه منافقین محارب و اهل بغی هستند، گفت: «نظر حضرت امام و همه علما این است که اهل بغی یعنی کسانی که علیه حکومت اسلامی شورش و اقدام مسلحانه می‌کنند و حکمشان اعدام است و شکی در آن وجود ندارد».به گزارش «شرق»، علی فلاحیان در گفت‌وگویی، با اشاره به انتشار فایل صوتی مرحوم آیت‌الله منتظری در رابطه با مسائل دهه ٦٠ گفت: «بنده هم تعجب کردم چون مبنای فقهی حضرت امام و آقای منتظری در این مورد تفاوتی نداشت».فلاحیان افزود: «یعنی به‌عنوان فتوای اولیه، آنها حکم محاربین و اهل بغی را اعدام می‌دانند ازاین‌رو تعجب است که چنین حرفی زدند منتها یک بحثی به‌عنوان ثانوی وجود دارد که مثلا اگر ما الان احکام را اجرا کنیم تعبیر آقای منتظری این است که تاریخ قضاوت بدی درباره ما می‌کند».نماینده سابق مجلس خبرگان رهبری با بیان اینکه "این حرفی بود که اطرافیان، به آقای منتظری القا کردند"، گفت: «اطرافیان آقای منتظری را وادار کردند که بگوید مصلحت نیست، در فقه ما اگر اجرای یک حکمی مصلحت نباشد، البته نه هر مصلحتی بلکه مصلحت ملزمه داشته و الزام‌آور باشد، فقیه می‌تواند برخلاف فتوایش جلو اجرای حکم را بگیرد».او با بیان اینکه "نظر حضرت امام این بود که حکم خدا باید اجرا شود"، ادامه داد: «ایشان معتقد بودند باید حکم خدا را اجرا کرد و توجهی به قضاوت تاریخ نباید بشود، نظر امام این است کسانی که در تاریخ مغرض هستند مسلما علیه ما می‌نویسند حال هرگونه که ما عمل کنیم و کسانی که طرفدار یا منصف هستند واقعیت را می‌نویسند. واقعیت این است که برای کسی شک و شبهه‌ای نیست که منافقین، جوانان و نیروهای خوب ما را به شهادت رساند که انفجار دفتر حزب جمهوری اسلامی، عملیات مرصاد و ترورهای شهری از این‌گونه موارد است».